Selanjutnya, VIJ berganti nama menjadi Persidja Jakarta. Persidja sendiri terus tumbuh menjadi klub paling disegani di Perserikatan.
Saat itu, Persidja bagaikan bentuk Timnas Indonesia. Mengingat, para pemain Timnas Indonesia di era 1950-an hingga 1960-an adalah penggawa Persidja. Tak hanya itu, Persidja merupakan klub yang memiliki jersey berwarna Merah-Putih. Tak ayal, julukan Merah-Putih melekat di Persidja.
Soetjipto Soentoro, Kwee Tik Liong, Sinyo Aliandoe, Reni Salaki, Liem Soe Liong (Surya Lesmana), dan Rony Paslah adalah beberapa jebolan Persidja yang membela Timnas. Semuanya di bawah kendali sang pelatih hebat Persidja ketika itu, yakni Liem Soen Joe atau yang lebih dikenal dengan nama drg. Endang Witarsa. Persidja akhirnya mampu menjadi juara Perserikatan 1954 dan 1964.
Hebatnya lagi, dengan materi pemain muda, dokter membuktikan tangan dinginnya mampu mengangkat prestasi Persija. Si Merah-Putih dibawanya juara tanpa terkalahkan dengan rekor gol fantastis 34-3. Selain juara, gelar Persija terasa lengkap setelah Soetjipto Soentoro meraih gelar top skor dengan 16 gol. Musim yang lengkap bagi Persija dan Dokter pada Perserikatan tahun 1964.
Di era 1970-an, Persidja menciptakan era baru dengan materi permain seperti Sutan Harharah, Suhanta, Sumirta, Widodo, Anjas Asmara, Oyong Liza, Sofyan Hadi, Risdianto, Wahyu Hidayat, Danurwindo, Benny Dollo, dan Dananjaya. Persidja pun mampu menjuarai Perserikatan tahun 1973, 1975, dan 1979.
Tahun 1979 merupakan momen terakhir Persidja menggenggam supremasi tertinggi kompetisi sepak bola Tanah Air. Selanjutnya, saat Perserikatan dan Galatama dilebur, Persija baru menjadi juara supremasi tertinggi kompetisi sepak bola Tanah Air pada tahun 2001 dengan tajuk Liga Indonesia.
Masih ingat betul, Bambang Pamungkas, Luciano Leandro, Antonio Claudio, Imran Nahumarury, Widodo Cahyono Putro, hingga Gendut Doni, Persija menjadi klub paling disegani. Anak-anak asuh Sofyan Hadi yang ber-jersey oranye menjadi juara Liga Indonesia usai mengalahkan PSM Makassar 3-2 di Stadion Senayan (Stadion Utama Gelora Bung Karno).
Dua gol dari Bambang Pamungkas dan satu dari Imam Nahumarury dapat membalas torehan PSM melalui Miro Baldo Bento dan Kurniawan Dwi Yulianto.