PSSI mengalami cobaan pertama. PSSI dengan anggotanya yakni PSIM Mataram (Yogyakarta) berkonflik pada tahun 1934-1937. PSIM tidak sepaham dengan PSSI.

PSIM pun membentuk federasi tandingan bernama PORSI (Persatuan Olah Raga Seluruh Indonesia). PSSI merespons dengan membentuk klub bernama Persim Mataram. PSIM pun tidak ikut dalam kompetisi Perserikatan sejak 1934. PORSI tidak hanya menaungi sepak bola, tetapi olah raga lainnya seperti voli hingga atletik.Saat itu, pemain berkualitas PSIM dirayu PSSI untuk keluar dan bergabung dengan klub-klub anggota lainnya, seperti Persis Solo dan lain-lain. Salah satu pemain yang dimaksud adalah Maladi, kiper PSIM. Ia juga merupakan mantan Menteri Olah Raga (sekarang, Menpora) zaman Presiden Soekarno dan Soeharto.

Dalam artikel yang ditulisnya berjudul "Perjalanan Sepakbola Indonesia", Maladi sedikit membocorkan konflik PSSI dan PSIM. Saat itu, PSIM tidak diikutsertakan dalam jajak pendapat kerja sama PSSI yang diwakili Soeratin dengan NIVB. Kerja sama ini adalah untuk timnas Hindia Belanda ke Piala Dunia 1938.

Dikutip dari Koran Pemandangan, Soeratin akhirnya mengasingkan diri ke Bandung. Urusan PSSI dan sepak bola diserahkan kepada Dr R.M Soeratman Erwin ditunjuk Soeratin sebagai Ketua Harian PSSI. Soeratin pun merasa dibohongi dengan jalinan kerja sama NIVB. PSIM akhirnya kembali ke pangkuan PSSI pada 21 Oktober 1937.

Perjalanan PSSI di Zaman Penjajahan Jepang hingga Agresi Militer Belanda