Tim kebanggaan Bonek ini kembali memasuki masa kelam sejak musim 2009/2010, di mana Persebaya dihantam dualisme.
Awalnya, Persebaya harus degradasi ke Divisi Utama akibat dipaksa melakukan pertandingan ulang sebanyak tiga kali melawan Persik Kediri dengan tempat yang berbeda yaitu di Kediri, Yogyakarta, dan Palembang.
Tetapi Persebaya menolak melakukan pertandingan ulang.
Mereka pun enggan ikut Divisi Utama kemudian mengikuti "Liga Primer Indonesia".
Dari sebelumnya bernama Persebaya diubah menjadi Persebaya 1927.
Sedangkan Persebaya lainnya berkiprah di Divisi Utama setelah merekrut pemain-pemain Persikubar Kutai Barat.
Walaupun menyandang nama Persebaya, tim ini tidak terlalu mendapat tempat di hati Bonek.
Mereka lebih memilih untuk mendukung Persebaya 1927.
Nasib kedua tim tak ubahnya langit dan bumi.
Persebaya di Divisi Utama berhasil promosi ke Indonesia Super League (ISL) pada musim 2014.
Dan sempat merasakan musim 2015 sebelum akhirnya liga diberhentikan setelah tidak diakui oleh Pemerintah dan Indonesia di-banned oleh FIFA.
Sedangkan nasib Persebaya 1927 tanpa aktivitas di kompetisi resmi.