Baru pada tahun 2016 angin segar menghampiri Persebaya 1927.
Hasil rapat Exco PSSI yang digelar di Solo, Persebaya 1927 disahkan kembali sebagai anggota PSSI dan akan disahkan pada KLB di Makassar dan akan kembali berkompetisi di Divisi Utama musim 2017.
Hanya saja, kongres PSSI di Jakarta pada 10 November 2016 membatalkan agenda pengesahan tersebut.
Namun Ketua PSSI saat itu, Edy Rahmayadi menjanjikan akan menyelesaikan permasalahan Persebaya pada kongres selanjutnya di Bandung.
Pada musim 2017 Persebaya kembali berkompetisi di Liga 2, dan berhasil menjadi juara setelah mengalahkan PSMS Medan di final, lalu promosi ke Liga 1.
Liga 1 musim 2018 adalah musim pertama Persebaya berlaga di kasta tertinggi sepak bola Indonesia.
Green Force menuntaskan kompetisi Liga 1 dengan nangkring di peringkat ke-5.
Peringkat ini cukup mengejutkan publik sepak bola tanah air karena statusnya sebagai tim promosi.
Padahal disaat yang sama tim-tim promosi kurang bisa bersaing bahkan ada yang kembali harus turun kasta ke Liga 2.
Persebaya melejit di Liga 1 2019, finis di urutan kedua dengan 54 poin dari 34 laga.
Persebaya kalah 10 angka dari sang juara, Bali United.
Pada Liga 1 2021, Persebaya bersaing menuju tangga juara.
Sayang, Bajul Ijo harus finis di urutan 5 dengan raihan 63 poin.