Setelah itu, Thohir juga mendapatkan cibiran dari pemilik AC Milan saat itu, Silvio Berlusconi. Berlusconi mengatakan Anak Teddy Thohir tersebut tidak punya modal untuk membawa Nerazzurri kembali sejajar dengan klub besar Eropa lainnya.
Selanjutnya, Thohir mendapatkan cercaan dari suporter Inter Milan. Kejadian bermula ketika Inter berniat barter pemain dengan Juventus. Dua nama yang masuk dalam negosiasi itu adalah Fredy Guarin dan juga Mirko Vucinic.
Saat kedua klub hampir berjabat tangan tanda sepakat, suporter Inter Milan ramai-ramai menggelar aksi di depan kantor tim. Mereka menilai Juventus akan menjadi pihak yang paling diuntungkan dalam transfer tersebut. Melalui sambungan telepon, Thohir pun mengambil sikap dengan membatalkan pertukaran Guarin dengan Vucinic.
Kesan awal bisa menentukan, dan Thohir memilih memboyong bek kanan Torino, Danilo D'Ambrosio, sebagai pemain anyar pertama pada eranya. Tak sedikit dari para suporter yang membandingkan rekrutan pertama Thohir dengan Moratti. Pilihan pertama Moratti untuk memperkuat Inter Milan adalah sang legenda, Javier Zanetti.
Keadaan kian menarik setelah kedua pemain tersebut memiliki posisi yang sama yakni sebagai bek kanan. Namun, waktu yang pada akhirnya menjawab. Zanetti masih merupakan pemain yang tak tersentuh di Inter Milan. Sementara itu, jalinan cerita D'Ambrosio dengan Nerazzurri justru lebih langgeng ketimbang Thohir.
Baca juga: Gianluca Mancini, Bek Masa Depan Timnas Italia Pengagum Marco Materazzi
Selama Thohir di balik kemudi, Inter Milan memang tidak banyak berkembang dari sisi prestasi. Pada debutnya, Inter yang saat itu diasuh Walter Mazzarri hanya menutup musim pada posisi kelima. Satu musim berselang keadaan menjadi semakin buruk sebab La Beneamata hanya bercokol pada peringkat kedelapan.
Thohir memang tidak bisa dijadikan kambing hitam. Pada saat itu, pria 48 tahun tersebut memilih untuk membenahi manajemen Inter ketimbang performa di lapangan. Ia yakin, Inter Milan akan kembali hebat jika punya manajemen yang kuat.
Beberapa dewan direksi pada era Moratti pun dicopot. Thohir memilih nama-nama yang sudah paham betul dengan dunia sepak bola untuk masuk ke dalam bagan direksi klub.
Pada musim ketiga, kerja keras Thohir mulai terlihat. Ditambah dengan dukungan pemain anyar seperti Jeison Murillo, Geoffrey Kondogbia dan Ivan Perisic, Inter Milan menempati posisi keempat dengan unggul dua poin dari Fiorentina yang menguntit pada peringkat kelima. Sayangnya, saat itu posisi keempat tidaklah cukup untuk melenggang ke Liga Champions.