Pada musim 1994-1995, PSSI menyatukan Perserikatan dan Galatama untuk membentuk Liga Indonesia. Semen Padang memenuhi syarat untuk tampil sebagai salah satu dari 34 peserta Divisi Utama pada musim itu.
SP tergabung di Wilayah Barat dan mengakhiri musim pada peringkat kelima, hanya setingkat di bawah zona kelolosan menuju putaran kedua.
Seperti halnya di Galatama, Semen Padang tidak mencatat prestasi signifikan di Divisi Utama. SP pertama kali lolos ke babak gugur pada musim 1998-1999 setelah menjadi peringkat kedua di Wilayah Barat di bawah PSMS Medan, namun harus tersingkir di putaran kedua setelah kalah saing dari Persebaya dan PSIS Semarang.
Pada musim 2002, SP berhasil menjuarai Wilayah Barat dengan tim yang diperkuat oleh pemain seperti Ellie Aiboy, Erol Iba, Carlos Renato, Rommy Diaz.
Mereka berhasil melaju ke semifinal, namun harus menelan kekalahan lewat adu penalti dari Petrokimia Putra. Sampai dengan musim 2016, prestasi Semen Padang naik turun.
Selama periode pembekuan PSSI, Semen Padang berkompetisi di beberapa turnamen persahabatan. Masih ditukangi oleh Nilmaizar, SP berkompetisi di Indonesia Soccer Championship A 2016, mengakhiri musim di peringkat ke-8 dari 18 tim.
Baca Juga: Profil Tim Liga 1 2019: Perseru Badak Lampung FC
Mereka dikalahkan oleh Mitra Kukar di final Piala Jenderal Sudirman dan meraih peringkat keempat pada Piala Presiden 2017.
Setelah bergulirnya kembali kompetisi sepak bola profesional resmi dengan nama Liga 1, Semen Padang terpilih menjadi salah satu dari 18 tim peserta musim perdananya.
Namun, pada bulan Oktober 2017, Nil dipecat setelah hanya dapat membawa SP di peringkat ke-15, setingkat di atas zona degradasi.
Penunjukan Delfi Adri sebagai pelatih sementara, disusul pengangkatan Syafrianto Rusli sebagai kepala pelatih tetap pada akhir bulan tidak dapat mengangkat performa tim, yang terpaksa mengakhiri musim sebagai peringkat ke-16, otomatis terdegradasi bersama Persiba Balikpapan dan Persegres Gresik United.
Ini merupakan degradasi pertama dalam liga kompetitif sepanjang sejarah Semen Padang. (Rekalibrasi Liga Indonesia menjadi Liga Super Indonesia pada musim 2008-2009 secara teknis membuat SP "tetap" di Divisi Utama, bukan terdegradasi).
Syafrianto dipertahankan sebagai kepala pelatih untuk mengarungi Liga 2 musim 2018. SP berhasil tampil sebagai juara Wilayah Barat pada putaran pertama dan juara Grup A pada putaran kedua sebelum mengalahkan Persita Tanggerang dengan skor agregat 3-2 pada semifinal, yang memastikan satu tiket untuk promosi ke Liga 1 musim 2019.