Musim 2008 Persipura kembali bisa menunjukkan kelasnya di pentas sepak bola nasional. Bersama pelatih asal Malaysia, Raja Isa mereka mampu mendominasi papan atas klasemen. Sempat terjadi pergantian pelatih setelah Raja Isa memutuskan mundur. Namun bersama pelatih baru, Jacksen F Tiago berhasil meneruskan catatan positif. Tahun itu mereka memastikan gelar juara setelah mengalahkan Persija Jakarta di Stadion Gelora Bumi Kartini Jepara.

Musim 2009-2010 mereka awali dengan menjuarai turnamen bertajuk Kraton Cup yang diselenggarakan di Stadion Maguwoharjo. Meski sukses diturnamen pra musim, namun mereka gagal mempertahankan juara kompetisi resmi. Mereka harus puas menjadi runner-up pada tahun itu dengan selisih 6 poin dari Arema yang meraih gelar juara.

Pada kompetisi 2010-11 Persipura kembali menjadi raja sepak bola nasional bersama pelatih Jacksen F. Tiago. Musim itu mereka juga turut mengharumkan nama sepak bola Indonesia setelah berhasil menembus babak quarter-final ajang AFC Cup.

Baca Juga: Profil Tim Liga 1 2019: Borneo FC

Prestasi mereka di musim 2010-2011 gagal mereka ulang di musim berikutnya. Pada 2011-2012 Persipura yang masih diarsiteki oleh Jacksen F. Tiago hanya menempati posisi runner-up di bawah Sriwijaya FC. Meski gagal, prestasi mereka tahun itu tetap moncer dengan catatan kemenangan beruntun terpanjang (4 laga) dan sebagai tim yang tak terkalahkan terlama (8 laga).

Pada 2012-2013, Persipura kembali menjadi juara kasta tertinggi sepak bola Indonesia. Mutira Hitam memastikan gelar juara setelah mengalahkan saudara mereka dari tanah Papua, Persiwa Wamena saat kompetisi masih menyisakan 4 pertandingan.

Di 2014, Persipura kembali gagal back to back menjadi juara. Musim tersebut mereka akhiri dengan menjadi runner-up setelah kalah lewat drama adu penalti dari Persib Bandung dipartai final. Namun tahun itu Mutiara Hitam kembali menggebrak panggung Asia. Anak asuh Jacksen F. Tiago berhasil lolos ke Semifinal setelah menyingkirkan juara bertahan Piala AFC, Al-Kuwait SC dengan agregat 8-4. Namun Persipura gagal melaju ke final setelah disingkirkan oleh Al-Qadsia.

Tahun 2015 kompetisi ISL hanya dijalankan sampai 3 tertandingan. Persipura sendiri duduk di posisi kedua klasemen dibawah Gresik United pada saat liga dihentikan.

Pada 2016, PSSI mendapat sanksi pembekuan dari FIFA karena adanya campur tangan dari pihak pemerintah dan ini mengakibatkan kompetisi resmi juga berhenti. Oleh sebab itu pada tahun tersebut digelar kompetisi independen yang diberi nama ISC yang akan diikuti 18 tim dari kasta tertinggi Indonesia, Persipura menjadi salah satu peserta dan mampu merebut gelar juara pada tahun itu.

Baca Juga: Profil Tim Liga 1 2019: Bali United

Sedangkan 2017 saat kompetisi kembali ke Liga 1, Persipura mencoba kembali bersaing untuk memperebutkan gelar juara bersama pelatih Angel Alfredo Vera. Mereka tampak kesulitan menjalani musim itu, bahkan tim ini sempat terdampar di posisi 12 klasemen, yang berujung dengan mundurnya Alfredo dan digantikan oleh Liestiadi. Di akhir kompetisi mereka hanya mampu finis di posisi 6.

Musim 2018, Persipura belum bisa menemukan bentuk permainan terbaik. Di bawah asuhan pelatih Petler Butler yang menggantikan Wanderley da Silva, Boaz Solossa dkk. tampak kesulitan menjalani musim kemarin meski mengandalkan pemain-pemain berpengalaman sekelas Boaz Salossa, Imanuel Wanggai dan Ricardo Salampessy. Hal itu terbukti dengan posisi tim di klasemen akhir yang hanya finis di urutan 12.