Tim kebanggaan Bonek ini kembali memasuki masa kelam sejak musim 2009/2010. Persebaya dihantam dualisme. Awalnya, Persebaya harus degradasi ke Divisi Utama akibat dipaksa melakukan pertandingan ulang sebanyak tiga kali melawan Persik Kediri dengan tempat yang berbeda yaitu di Kediri, Yogyakarta, dan Palembang. Tetapi Persebaya menolak melakukan pertandingan ulang. Mereka pun enggan ikut Divisi Utama kemudian mengikuti "Liga Primer Indonesia". Dari sebelumnya bernama Persebaya diubah menjadi Persebaya 1927.

Sedangkan Persebaya lainnya berkiprah di Divisi Utama setelah merekrut pemain-pemain Persikubar Kutai Barat. Walaupun menyandang nama Persebaya, tim ini tidak terlalu mendapat tempat di hati Bonek. Mereka lebih memilih untuk mendukung Persebaya 1927.

Nasib kedua tim tak ubahnya langit dan bumi. Persebaya di Divisi Utama berhasil promosi ke Indonesia Super League (ISL) pada musim 2014. Dan sempat merasakan musim 2015 sebelum akhirnya liga diberhentikan setelah tidak diakui oleh Pemerintah dan Indonesia di-banned oleh FIFA. Sedangkan nasib Persebaya 1927 tanpa aktivitas di kompetisi resmi.

Baca Juga: Profil Tim Liga 1 2019: Madura United

Baru pada tahun 2016 angin segar menghampiri Persebaya 1927. Hasil rapat Exco PSSI yang digelar di Solo, Persebaya 1927 disahkan kembali sebagai anggota PSSI dan akan disahkan pada KLB di Makassar dan akan kembali berkompetisi di Divisi Utama musim 2017. Hanya saja, kongres PSSI di Jakarta pada 10 November 2016 membatalkan agenda pengesahan tersebut.

Namun Ketua PSSI saat itu, Edy Rahmayadi menjanjikan akan menyelesaikan permasalahan Persebaya pada kongres selanjutnya di Bandung. Pada musim 2017 Persebaya kembali berkompetisi di Liga 2, dan berhasil menjadi juara setelah mengalahkan PSMS Medan di final, lalu promosi ke Liga 1.

Liga 1 musim 2018 adalah musim pertama Persebaya berlaga di kasta tertinggi sepak bola Indonesia. Green Force menuntaskan kompetisi Liga 1 dengan nangkring di peringkat ke-5. Peringkat ini cukup mengejutkan publik sepak bola tanah air karena statusnya sebagai tim promosi. Padahal disaat yang sama tim-tim promosi kurang bisa bersaing bahkan ada yang kembali harus turun kasta ke Liga 2.

Sembari menunggu Liga 1 musim 2019 digulirkan, Persebaya mengikuti turnamen pramusim bertajuk Piala Presiden 2019, dan menjadi runner-up. Mereka harus mengakui ketangguhan Arema FC dengan skor agregat 4-2 pada laga final.