Pada awal balapan, Alex Marquez mampu mengkudeta posisi terdepan dari Pecco Bagnaia.
Di belakangnya, sejumlah pembalap bersaing secara sengit, seperti pada lap ke-3 di mana Pedro Acosta sempat menyalip Pecco Bagnaia pada tikungan 4, tetapi kemudian mampu direbut kembali oleh pembalap Ducati Lenovo di tikungan 5.
Tujuh lap berjalan, Alex Marquez masih memimpin barisan, tetapi jarak antara dirinya dan pembalap di belakangnya makin menipis.
Marco Bezzecchi tampak kesulitan pada balapan kali ini dan masih tertahan di posisi ke-12 pada lap ke-8.
Sementara itu, Joan Mir sukses merebut posisi ke-4 dari Fabio Quartararo pada lap ke-11 melalui gerakan apik di tikungan 4.
Miguel Oliveira menjadi korban pertama di balapan utama MotoGP Malaysia 2025, dia terjatuh pada lap ke-12.
Satu lap setelah itu, giliran Raul Fernandez yang mengikuti jejak Miguel Oliveira karena terjatuh di tikungan 1.
Pada lap ke-13, Pedro Acosta berhasil menyalip Pecco Bagnaia di tikungan 11.
Sementara itu, Alex Marquez makin nyaman di posisi tedepan dengan unggul 2,4 detik atas Pedro Acosta pada lap ke-15.
Pecco Bagnaia yang berada di posisi ketiga dihimpit oleh Pedro Acosta dan juga Joan Mir yang menempel ketat di belakangnya.
Namun, dalam sisa tiga lap balapan, Pecco Bagnaia mampu menjauh dari kejaran Joan Mir dan unggul sekitar 2 detik.
Dua lap jelang berakhirnya balapan, Pecco Bagnaia harus menepi dan mengakhiri balapan lebih cepat karena masalah teknis pada motornya.
Alhasil, posisi ketiga sekarang diisi oleh Joan Mir.
Hingga berakhirnya balapan, tak ada perubahan berarti pada posisi terutama barisan depan.
Alex Marquez finis terdepan, diikuti Pedro Acosta, dan Joan Mir di belakangnya.