Leg kedua 16 besar dimainkan pada 8 Maret 2017 dan dengan status Arsenal sebagai tuan rumah, diharapkan setidaknya dapat memperkecil defisit gol.

Apa yang terjadi justru fans melihat pembantaian di Emirates Stadium dan diperparah dengan kartu merah Laurent Koscielny (53').

Arsenal sempat unggul dari gol Theo Walcott (20'), tetapi Bayern memanfaatkan keunggulan jumlah pemain dengan lima gol yang datang dari Lewandowski (penalti), Robben, dua gol Arturo Vidal, dan Douglas Costa.

Bayern menang agregat gol 10-2 dan menjaga catatan tak terkalahkan melawan Arsenal.

Setelah tiga pertemuan itu, Bayern dan Arsenal kembali bertemu di perempat final Liga Champions 2023-2024, dan hasilnya sama: Bayern tak terkalahkan.

Imbang 2-2 di leg satu yang dimainkan di Emirates Stadium, Bayern menang tipis 1-0 di Allianz Arena.